Mikko Franck on ollut elokuusta 2006 alkaen Suomen Kansallisoopperan ylikapellimestari ja vuoden 2008 alusta lähtien myös taiteellinen johtaja. Hän on johtanut Kansallisoopperassa lukuisia oopperoita, joukossa mm. Wagnerin Parsifalin ja Korngoldin Die tote Stadtin ensi-illat sekä Einojuhani Rautavaaran Rasputinin ja Jukka Linkolan Robin Hoodin kantaesitykset.
Hän on johtanut oopperaesityksiä myös Berliinin valtionoopperassa, Tukholman Kuninkaallisessa oopperassa ja Lontoon Covent Gardenissa. New Yorkin Metropolitanissa Franck debytoi kaudella 2011–2012.
Franckin johdolla tehtyjä oopperalevytyksiä ovat Rautavaaran Auringon talo (2003), Rasputin (DVD 2005) ja Aleksis Kivi (DVD 2011), Rudi Stephanin Die ersten Menschen (2007) sekä Aulis Sallisen Punainen viiva (DVD 2010).
Kesään 2007 asti Mikko Franck työskenteli Belgian kansallisorkesterin musiikillisena johtajana ja ylikapellimestarina. Lisäksi hän on johtanut mm. Berliinin, Münchenin, New Yorkin, Los Angelesin, Israelin ja Lontoon filharmonikkoja sekä Bambergin, Dallasin, Chicagon, Tokion ja San Franciscon sinfoniaorkestereita. Kangasniemen Musiikkiviikkojen taiteellisena johtajana Mikko Franck on ollut vuodesta 2002.